灰指甲的治疗应根据具体病情采取个体化治疗，遵循基本疗法与个体化相结合的原则。其治疗原则为主要采用综合治疗，以口服抗真菌药为主，局部外用抗真菌药为辅，严重时可采用除甲疗法。
灰指甲是由于甲真菌的侵犯而导致指甲发生的病变，由于甲真菌的致病菌侵犯部位较深，治疗疗程长，易复发，给患者带来了极大的痛苦。灰指甲的治疗应根据具体病情采取个体化治疗，其治疗原则为主要采用综合治疗，以口服抗真菌药为主，局部外用抗真菌药为辅，严重时可采用除甲疗法。
近些年来，由于新型广谱抗真菌药物特比萘芬、伊曲康唑和氟康唑的出现，有效遏制了真菌的气焰，主要用于甲损害严重、广泛、局部用药效果不佳者，应用抗真菌药物治疗灰指甲治愈率可达到70%以上。由于抗真菌药物的不良反应，对老年和慢性肝肾疾病的患者采用外用药物治疗甲真菌病更为合适。
局部外用抗真菌药物疗法一般只用于部位表浅、单个甲的感染，包括外用抗真菌涂剂、消毒剂、角质剥脱剂等。由于甲的特殊结构，使得大多数药物难于渗透入甲板，无法发挥其抑菌或杀菌活性，需要结合削甲术或磨甲术一起应用。
对于病甲严重增厚，或在甲下形成癣菌瘤的患者，需要应用外科除甲疗法、激光手术除甲疗法或化学溶甲疗法，除去病甲后进行抗真菌治疗。临床上一些难治疗的类型应采用联合疗法进行治疗。
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